Au Salon de l'auto de Détroit 2006 , Honda a annoncé qu'elle fabriquerait une version de production du concept FCX présenté au Salon de l'automobile de Tokyo 2005. Le 25 septembre 2006, cette version de production a été dévoilée. La version berline quatre portes mise à jour semble plus élégante et plus futuriste, et met l'accent sur le confort et l'espace intérieur. Son intérieur est beaucoup plus spacieux avec un mélange de plastique, de bois et de cuir. La production devrait commencer en 2008 au Japon et aux États-Unis La version de production ressemblera beaucoup au concept, bien que l'on ne sache pas si certaines des caractéristiques les plus radicales du concept, comme un tableau de bord inclinable, seront incluses.

Selon Honda, la nouvelle pile à combustible est 20 % plus petite, 30 % plus légère et offre une puissance supérieure de 100 kW (136 ch ; 134 ch). Le nouveau groupe motopropulseur est plus léger de 180 kg, son volume est réduit de 40 % et son rendement énergétique est élevé de 60 %, contre 20 % pour la plupart des moteurs à combustion interne , 30 % pour la plupart des moteurs hybrides et 50 % pour la génération précédente de FCX.

Le nouveau groupe motopropulseur utilise trois moteurs électriques : un moteur à traction avant d'une puissance maximale de 80 kW, dont l'arbre est coaxial à la boîte de vitesses pour un train avant plus compact, et deux moteurs plus petits d'une puissance maximale de 25 kW entraînant chacun une roue arrière. Cette configuration fait du FCX un véhicule à transmission intégrale . Le FCX modernisé atteint une vitesse maximale de 160 km/h.

Le nouveau FCX bénéficie de plusieurs nouvelles fonctionnalités intéressantes. La nouvelle pile à combustible V Flow peut fonctionner jusqu'à -30 °C grâce à un flux d'hydrogène vertical. Les réservoirs peuvent stocker jusqu'à 5 kg (171 litres) d'hydrogène à une pression de 350 atmosphères, grâce aux nouveaux matériaux d'absorption d'hydrogène utilisés. L'autonomie est ainsi prolongée, jusqu'à 560 km (350 miles).

Pour soutenir la technologie des piles à combustible à hydrogène, Honda a également lancé la station d'énergie domestique (HES). Cette solution domestique permet de convertir le gaz naturel en électricité, en chaleur et en hydrogène pour alimenter les véhicules à pile à combustible. Les consommateurs peuvent ainsi faire le plein d'hydrogène à domicile, un atout important en attendant la généralisation des stations d'hydrogène. L'hydrogène peut également être utilisé dans la pile à combustible à hydrogène intégrée à la HES, fournissant jusqu'à 5 kW d'électricité, normale ou de secours, et/ou d'eau chaude sanitaire. Selon Honda, cette solution est très efficace et réduit jusqu'à 50 % les coûts de fonctionnement de l'électricité, du gaz et du carburant.