En mai 1964, Prince a lancé les versions compétition et route de la Skyline 2000GT. Basée sur la S50D-1, elle utilisait le moteur G-7 de la Gloria S41, mais nécessitait un allongement de l'empattement de 200 mm pour accueillir le six cylindres en ligne dans le compartiment moteur. La voiture a concouru dans la deuxième édition du Grand Tourisme II (GT-II) japonais le 3 mai 1964, visant la victoire face à la Porsche 904. Les Skyline GT ont réalisé des performances de la deuxième à la sixième place. Seulement 100 unités de la S54A-1 ont été produites à des fins d'homologation, se vendant instantanément grâce au succès en course. La S54A-1 était équipée d'un moteur six cylindres en ligne de 2,0 litres à carburateur unique, produisant 105 ch et 16,0 kg⋅m de couple, avec une transmission manuelle à 4 vitesses de série. Des options telles que trois carburateurs Weber, un différentiel à glissement limité, une transmission manuelle à 5 vitesses, un volant sport et un refroidisseur d'huile étaient disponibles.

En février 1965, la Prince Skyline 2000GT (S54B-2) a été commercialisée au Japon, suivie en septembre de la 2000GT-A (S54A-2), moins puissante. Le modèle S54B-2 a été rebaptisé 2000GT-B. La GT-B était équipée de trois carburateurs Weber 40DCOE-18, produisant 125 ch et 17,0 kg⋅m de couple, avec une suspension arrière à barre de torsion, un volant Nardi, des freins assistés et des freins à disque avant de série. La GT-A moins chère ne disposait pas du volant Nardi, des freins assistés, des freins à disque avant et de la barre de torsion arrière. Des options supplémentaires telles que des ceintures de sécurité, une radio, un réservoir de carburant plus grand, un différentiel à glissement limité, une transmission manuelle à 5 vitesses et des kits de suspension de course étaient disponibles pour les deux modèles.

En octobre 1966, la GT a subi un léger lifting similaire à la S50D-2, conservant ses feux arrière ronds d'origine. Ce modèle était connu sous le nom de S54-3, avec un équipement similaire à celui de la S54-2, à l'exception des ceintures de sécurité et de la transmission manuelle à 5 vitesses devenues standard pour la GT-B uniquement.

Les versions sud-australiennes utilisaient le moteur S54B, la différence résidant dans la boîte de vitesses : la GT-A avait une boîte à 4 vitesses, tandis que la GT-B était équipée de la boîte de vitesses européenne ZF à 5 vitesses.